 |
Ученые ЛЭТИ построили “Таблицу Менделеева” для систематизации элементов генетического кода
Многие объекты в мире поддаются систематизации. Наиболее известным примером является периодическая система химических элементов, закономерности для которой установил русский ученый Дмитрий Иванович Менделеев. Подобные случаи систематизации являются крайне важными. Например, Таблица Менделеева может использоваться, чтобы изучить происхождение химических элементов или прогнозировать поведение ранее неизвестных веществ, обладающих полезными свойствами для человека.
Одним из научных объектов, который нуждается сегодня в систематизации элементов, является генетический код. В 1960-ые годы была предложена общепринятая таблица элементов генетического кода, отражающая экспериментально установленные соответствия кодирующих триплетов и аминокислот. Однако бурное развитие исследований в области генетики с применением технологий расшифровки генов и последующей обработки больших баз данных позволило значительно уточнить наши представления о генетическом коде.
Стало понятно, что тогдашняя систематизация существенно устарела и не объясняет многие свойства генетического кода. Кроме того, принципы построения общепринятой таблицы сложились исторически и не имеют строгого математического обоснования. Поэтому существует необходимость поиска природных принципов для систематизации генетического кода.
«Мы разработали и теоретически обосновали расположение триплетов (единиц ДНК, состоящих из трех нуклеотидов) и кодируемых ими аминокислот в виде Канонической таблицы генетического кода. Название «каноническая» таблица получила в связи с расположением в ней блоков триплетов в последовательности: цитозин (C), гуанин (G), урацил (U), аденин (A), которая называется канонической. Мы сопоставили Каноническую таблицу генетического кода с Периодической системой химических элементов и отметили их сходство: наличие начального элемента, последовательное заполнение вакансий связей в пределах блоков триплетов. Но есть и различия, например, число триплетов, в отличие от химических элементов ограничено», – рассказывает ведущий научный сотрудник Инжинирингового центра микротехнологии и диагностики (ИЦ ЦМИД) СПбГЭТУ «ЛЭТИ» Владимир Александрович Карасев.
В прошлом для составления своей таблицы Дмитрий Иванович Менделеев использовал обнаруженную им фундаментальную природную закономерность связей между элементами: им был сформулирован периодический закон – свойства химических элементов находятся в периодической зависимости от веса атомов. Поэтому для построения теоретически обоснованной таблицы генетического кода ученым ЛЭТИ требовалось найти аналогичный природный фундаментальный принцип для систематизации.
В ходе поиска закономерностей специалисты обратили внимание, что неразветвленная цепь любого белка, которая закодирована триплетах, может быть представлена в виде цепного графа – особой математической модели, позволяющей отразить структуру белкового фрагмента. Причем по ряду критериев был определен минимальный фрагмент белка, пригодный для систематизации, который состоит из пяти аминокислот. Ученые ЛЭТИ назвали его пентафрагментом. Математически его структурная форма может быть представлена в виде цепного графа.
Затем, уже работая с графами, ученые ЛЭТИ с помощью математического анализа выяснили, что общее число структурных форм графа ограничено и всего их существует 64. Кроме того, все модели по ключевым параметрам можно разделить на четыре блока по 16 вариантов. При этом каждый цепной граф соответствует структурной форме пентофрагмента белка. Используя эти соответствия, на основе системы из 64 цепных графов была построена система из 64 триплетов. Затем ученые добавили каждому триплету связанные с ними аминокислоты – так получилась Каноническая таблица генетического кода, состоящая из 64 ячеек. Результаты работы опубликованы в научном журнале Biosystems.
«Полученная таблица позволила наглядно представить в генетическом коде элементы симметрии и антисимметрии и их преобразования друг в друга, а также циклическую периодичность триплетов внутри строк столбцов и блоков таблицы в целом. Наша разработка может служить основой при построении алгоритмов прогнозирования пространственных структур белков с известной последовательностью аминокислот, а также для конструирования новых белков с заранее заданными полезными свойствами. Например, это могут быть новые ферменты, лекарственные средства, средства защиты растений от сорняков (гербициды) и от вредных насекомых (инсектициды) и даже технические электронные устройства молекулярного размера», – рассказывает Владимир Александрович Карасев.
Разработка таблицы проводилась в рамках выполнения научного раздела ИЦ ЦМИД “Принципы топологического кодирования цепных полимеров”, являющегося частью бионического направления. Исследования проводятся под руководством директора ИЦ ЦМИД проф. Виктора Викторовича Лучинина. Ключевой целью направления является использование биологических закономерностей для создания принципиально новых технических устройств молекулярного размера
Контактное лицо: Дарья Бодак
Компания: СПбГЭТУ "ЛЭТИ"
Добавлен: 18:08, 30.09.2022
Количество просмотров: 498
Страна: Россия
| В ХГУ около 200 студентов получат право работать вожатыми, Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова, 22:27, 28.09.2026, Россия69 |
| Студенты института непрерывного педагогического образования ХГУ получили свидетельства о профессии рабочего, должности служащего «Вожатый». В этом году такие документы вручат также ребятам из других институтов и колледжа педагогического образования, информатики и права. |
| Студенты ХГУ стали обладателями стипендий Президента и Правительства России, Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова, 22:48, 18.09.2026, Россия517 |
| Одиннадцать студентов Хакасского госуниверситета вошли в число лучших обучающихся страны и получили стипендии Президента и Правительства Российской Федерации. Две самые престижные премии – высшее признание достижений студентов в учёбе, науке и общественной жизни. |
| В «Долине царей» первокурсников ХГУ посвятили в «Хранители истории», Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова, 22:44, 18.09.2026, Россия186 |
| Совместный проект Хакасского государственного университета и музеев – Хакасского национального краеведческого имени Л.Р. Кызласова и «Древние курганы Салбыкской степи» под названием «Ожившая история Долины царей» стартовал четырнадцать лет назад. |
| Студенты ХГУ стали участниками туристического похода «Высота 1945», Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова, 22:25, 18.09.2026, Россия218 |
| Путешествие в горы стало ключевым событием регионального проекта патриотических мероприятий «Мы помним подвиг наших дедов» Хакасского госуниверситета, поддержанного Росмолодёжь.Гранты. Студенты из разных институтов вуза отправились покорять вершину Кюн-Таг, что в переводе означает «Гора Солнца». |
| Лето с пользой: гуманитарная миссия студента ХГУ Георгия Назарова, Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова, 23:12, 15.09.2026, Россия111 |
| В Курске в течение двух недель работал студент института истории и права Хакасского госуниверситета Георгий Назаров. В качестве волонтёра он был направлен в военный госпиталь. В состав группы входили добровольцы из девяти регионов: Оренбургской, Курганской, Смоленской, Воронежской, Иркутской областей, Республик Хакасия, Саха (Якутия), Татарстан и города Санкт-Петербурга. |
|
|
